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Les deux plates-formes qui composent GenoBiRD proposent un service complet pour mener à bien des projets de séquençage, de génotypage et d'analyse d'expression des génomes, partant de la paillasse jusqu'à l'analyse des données. Elles proposent également la mise à disposition de ressources (équipements, cluster de calcul...)
 

Savoir-faire

La plate-forme de Génomique est reconnue pour ses compétences pour les applications suivantes :
  • séquençage massif (NGS) : génomes ou exomes entiers, capture de gènes ciblés.
  • séquencage capillaire
  • génotypage haut-débit (sur puces Affymetrix Axiom)
  • étude du transcriptome par puces à ADN ou par RNA-seq

La plate-forme de Bioinformatique BiRD a développé une forte expertise en :
  • analyse de données de séquençage NGS (détections de variations génétiques)
  • analyse de données de transcriptome (puces ou RNA-seq)
  • analyse primaire de données de génotypage haut-débit
  • déploiement d'outils bioinformatique dans le portail Galaxy
Les multiples applications en génomique et bioinformatiques ne sont donc pas limitées en termes d'espèces étudiées. Elles peuvent s'appliquer dans les domaines de la mer, de l'agronomie, de l'environnement et de la santé.

Types de prestations

GenoBiRD offre deux types de prestations :
  • conduite de projets : toute demande de projet est discutée lors d'une réunion avec le porteur et ses collègues, afin d'établir une fiche d'engagement dans laquelle est décrit le cahier des charges auquel la plate-forme s'engage, ainsi que les modalités de rendu des résultats et le délai de la prestation.
  • mise à disposition :
    • d'équipements de génomique : leur utilisation inclut une formation et un accompagnement technique par le personnel de la plateforme, si cela est nécessaire. La formation initiale est organisée pour tout nouvel utilisateur.
    • de ressources bioinformatiques : cluster calcul et stockage, portail Galaxy pour le traitement et l'analyse de données 'omics'. Leur utilisation nécessite l'ouverture d'un compte et l'acceptation de la charte BiRD

Exemples de réalisations

GenoBIRd accompagne une trentaine de projets par an en dehors des projets de séquençage capillaire.

Elle est notamment partenaire des projets :

  • de séquençage d'exomes complets pour la Fondation Maladies Rares,
  • VaCaRMe : projet qui vise à coordonner les activités de Recherche, Formation et Innovation issues des laboratoires ligériens centrés sur l'évaluation du risque de maladies chroniques liées au vieillissement, en particulier celles concernant les systèmes cardiovasculaire, métabolique et respiratoire. (Direction scientifique : Richard Redon)
  • ERRATA : Etude de la Relation Résistance et Apoptose dans les Thérapies Anticancéreuses (Coordinnateur scientifique : François Vallette, CRCNA).
  • GRIOTE (Groupement de Recherche en Intégration de données Omics à Très grande Echelle) : projet fédérateur de la bioinformatique en région Pays de la Loire.
  • SyMeTRIC (Systems Medicine: Toward a Research & Innovation Centre) : projet de fédération régional en médecine systémique.

Equipements

  • 2 séquenceurs haut-débit (Illumina HiSeq et MiSeq)
  • 1 station de génotypage et profilage d'expression (Affymetrix GeneTitan MC)
  • 2 scanners de microarray (Agilent Biotechnologies et InnoScan)
  • 1 séquenceur capillaire (Applied Biosystems 3730)
  • 1 appareil de PCR en temps réel (Roche LC480)
  • 2 clusters de calcul dédiés à l'analyse et au stockage des données








Applications

Les multiples applications en génomique ne sont donc pas limitées en termes d'espèces étudiées. Elles peuvent s'appliquer dans les domaines de la mer, de l'agronomie, de l'environnement et de la santé.